- Masa jabatan kepala desa. RUU usul inisiatif DPR mengusulkan masa jabatan kepala desa menjadi 9 tahun dan maksimal dua periode. Pemerintah mengusulkan masa jabatan kepala desa tetap 6 tahun dan maksimal tiga periode. Apdesi dan perangkat desa mengambil jalan tengah dengan mengusulkan masa jabatan kepala desa menjadi 8 tahun dan maksimal dua periode.
- Alokasi penganggaran untuk penghasilan tetap kepala desa dan perangkat desa. RUU usul inisiatif DPR mengusulkan alokasi penganggaran untuk penghasilan tetap kepala desa dan perangkat desa sebesar 10% dari dana desa. Pemerintah mengusulkan alokasi penganggaran untuk penghasilan tetap kepala desa dan perangkat desa sebesar 8% dari dana desa. Pemerintah juga mengusulkan agar dana tersebut ditransfer langsung dari pemerintah pusat ke pemerintah desa tanpa lewat pemerintah daerah.
- Pengelolaan keuangan desa. RUU usul inisiatif DPR mengusulkan pengelolaan keuangan desa dilakukan oleh badan usaha milik desa (BUMDes) yang dibentuk oleh pemerintah desa. Pemerintah mengusulkan pengelolaan keuangan desa dilakukan oleh badan perwakilan desa (BPD) yang dibentuk oleh masyarakat desa. Pemerintah berpendapat bahwa BPD lebih representatif dan akuntabel dalam mengelola keuangan desa.
- Pembinaan dan pengawasan desa. RUU usul inisiatif DPR mengusulkan pembinaan dan pengawasan desa dilakukan oleh pemerintah daerah dan pemerintah pusat secara terpadu. Pemerintah mengusulkan pembinaan dan pengawasan desa dilakukan oleh pemerintah daerah dan pemerintah pusat secara terpisah. Pemerintah berpendapat bahwa pembinaan dan pengawasan desa harus sesuai dengan kewenangan dan tanggung jawab masing-masing pemerintah.
- Sanksi bagi pelanggar UU Desa. RUU usul inisiatif DPR mengusulkan sanksi bagi pelanggar UU Desa berupa teguran, peringatan, pembekuan, atau pencabutan status desa. Pemerintah mengusulkan sanksi bagi pelanggar UU Desa berupa teguran, peringatan, penundaan, atau penghentian penyaluran dana desa. Pemerintah berpendapat bahwa sanksi tersebut lebih proporsional dan efektif dalam menegakkan UU Desa.
- Kewenangan desa dalam mengurus administrasi kependudukan. RUU usul inisiatif DPR mengusulkan kewenangan desa dalam mengurus administrasi kependudukan berupa penerbitan kartu tanda penduduk (KTP), kartu keluarga (KK), akta kelahiran, akta kematian, dan surat keterangan domisili. Pemerintah mengusulkan kewenangan desa dalam mengurus administrasi kependudukan berupa penerbitan surat keterangan domisili dan surat keterangan pindah. Pemerintah berpendapat bahwa kewenangan tersebut sudah sesuai dengan fungsi desa sebagai pelayanan dasar.
- Kewenangan desa dalam mengelola sumber daya alam. RUU usul inisiatif DPR mengusulkan kewenangan desa dalam mengelola sumber daya alam berupa pemanfaatan, pengelolaan, dan pengawasan atas sumber daya alam yang ada di wilayah desa. Pemerintah mengusulkan kewenangan desa dalam mengelola sumber daya alam berupa pemanfaatan dan pengelolaan atas sumber daya alam yang ada di wilayah desa. Pemerintah berpendapat bahwa pengawasan atas sumber daya alam merupakan kewenangan pemerintah daerah dan pemerintah pusat sesuai dengan peraturan perundang-undangan.
- Kewenangan desa dalam mengatur perhubungan. RUU usul inisiatif DPR mengusulkan kewenangan desa dalam mengatur perhubungan berupa penyelenggaraan transportasi umum, angkutan barang, dan angkutan wisata di wilayah desa. Pemerintah mengusulkan kewenangan desa dalam mengatur perhubungan berupa penyelenggaraan transportasi umum dan angkutan barang di wilayah desa. Pemerintah berpendapat bahwa penyelenggaraan angkutan wisata merupakan kewenangan pemerintah daerah dan pemerintah pusat sesuai dengan peraturan perundang-undangan.
Mengenai anggaran untuk gaji tetap kades dan perangkatnya, Tito menyampaikan usulan pemerintah supaya dana tersebut langsung disalurkan dari pemerintah pusat ke desa tanpa melalui pemerintah kabupaten/kota. Menurut dia, ini sesuai dengan harapan para kades yang sering mengeluh gajinya terlambat dibayarkan oleh pemerintah daerah.
“Kemudian di antara yang lain adalah masalah dana ya, alokasi dana desa yang diminta terutama untuk penghasilan tetap kepala desa dan perangkat desa itu langsung transfer ke desa, tidak ke bupati. Dari pusat langsung dana desa itu untuk masalah penghasilan tetap,” kata Tito.